変形菌は微生物の捕食者であるため、直接には動物や植物の病原体となる事はない。しかし、堆肥をすき込んだ畑からはそうした環境を好む変形菌がよく発生し、作物の幼い苗に這い上がって窒息死させたり、イチゴやメロンの果実を汚損することもある。また芝生に好んで発生するハイイロフクロホコリPhysarum cinereum (Batsch) Perus.も芝生の美観を害して管理者に嫌われる。
本質的には微生物であるきのこを摂食する変形菌も知られており、ブドウフウセンホコリ(旧称キノコナカセホコリ)(Badhami utricularis (Bull.) Berk.は栽培されたナメコの子実体を食害して栽培農家に被害を与える。
近年日本においてクワガタムシの飼育愛好家が増え、粉砕したシイタケ廃ほだ木(朽ち木マット)をプラスチック飼育容器に満たす飼育スタイルが普及した。この飼育容器において長期間高湿度に保たれた朽ち木マットから突然変形菌の変形体が出現し、さらに子実体を形成して飼育者を驚かす事が増えた。この場合、ススホコリ属Fuligoの黄色い変形体かムラサキホコリ属Stemonitisの白色半透明の変形体が出現している事が多い。
変形菌は基本的には食用にはならないが、メキシコではフライの衣として使用されていたとの記録がある。 また、中国では土中からまれに肉塊のようなものが発見されることがあり、太歳などと呼ばれているが、これは変形菌の変形体ではないかと考えられている。1992年に中国陜西省で地下から25.5kgもある巨大な肉の塊のようなものが発見された際には、試食してみた人の「生ではバラのような香りがし、焼けば肉のような歯ざわり」という発言が記録されている。
かつて南方熊楠が深く興味を抱いて研究をしたことで有名である。その研究成果は論文の形では発表されなかったものが多いが、かなり先見的な見解が書き残されているほか、南方が和歌山県で採集した標本に基づいてグリエルマ・リスターによって新属新種として記載されたミナカタホコリMinakatella longifila G. Listerは南方に献名されている。また、この種は生きた樹木の樹皮に生息する種としても、興味深いものである。

